GKBI diawali oleh sekelompok kecil orang-orang Indonesia yang beribadah di St Andrews Presbyterian Church Kuala Lumpur (SAPCKL) the International Church of Kuala Lumpur.
Gereja SAPCKL kala itu melalui komisi pelayanan Home Fellowship mengusulkan agar jemaat Indonesia bersekutu bersama melalui wadah Indonesian Home Fellowship (IHF) dalam Bahasa Indonesia.
Dalam waktu yang singkat, IHF berkembang pesat dan akhirnya pada akhir tahun 2010 gereja induk (SAPCKL) mengusulkan jemaat Indonesia untuk mengadakan kebaktian berbahasa Indonesia (KBI).
Dengan dukungan ini, kebaktian perdana KBI diadakan pada bulan Januari 2011. Pada tahun 2011 ini, KBI dilaksakan secara rutin 1 x per bulan. Selanjutnya tahun 2012 dan 2013 bertambah frekwensinya menjadi 2 x per bulan, dan pada akhirnya pada tahun 2014, KBI dilaksanakan setiap hari minggu pukul 17.00
Pertengahan tahun 2017, dengan dukungan SAPCKL, KBI mulai menjalankan proses pendewasaan menjadi Gereja mandiri dan akhirnya, pada tanggal 7 Januari 2018, Gereja Kristen Berbahasa Indonesia (GKBI) resmi berdiri ditandai dengan penerimaan keanggotaan oleh Gereja Presbyterian Malaysia (GPM).
Puji Tuhan GKBI (sebelumnya KBI dan IHF) telah menjadi berkat bagi masyarakat Indonesia di Kuala Lumpur khususnya, untuk bertumbuh dan berkembang bersama dalam kehidupan imannya.
Semua ini adalah berkat kasih-Nya yang tak ada habisnya dan pernyertaan-Nya yang sugguh luar biasa. sesuatu yang benar-benar diluar jangkauan pikiran kita semua sebagai anak-anak-Nya.
Gereja Kristen Berbahasa Indonesia (GKBI) juga berafiliasi dengan St Andrews Presbyterian Church di Kuala Lumpur
Disamping itu, GBKI juga menjalin kerjasama dalam bentuk penyediaan pelayan dengan Gereja Kristen Indonesia (GKI)